Di muali tahun 1863 oleh Badan Zending Belanda U2W (Perhimpunan Misi Utrecht) bekerjasama dengan Lembaga Alkitab Belanda (NBG) dengan mengutus tiga orang tenaga misi yang diantaranya J. De Vroom Selama pelayanan 10 tahun, hanya membaptis satu orang pada tahun 1873, tapi pada tahun 1881 petobat tersebut membunuh penginjil tersebut. Pada tahun 1882, Bali ditutup sebagai ladang badan misi oleh pemerintah Belanda hingga tahun 1927. Tahun 1927, Pemerintah Hindia Belanda memberi izin kepada penginjil Cina : Tsang To Hang dari CMU (Chinese Missionary Union) bekerjasama dengan CMA (Christian Missionary Alliance) untuk bekerja sebagai penginjil di kalangan orang-orang etnis Tionghoa di Denpasar, Bali. Pada tanggal 11 November 1931, dibaptislah 12 orang Bali oleh Pdt. R. A. Jaffry (CMA) di sungai Yeh Poh, Desa Dalung, Badung-Bali sebagai buah penginjilan Tsang To Hang. Baptisan ini dipakai tonggak sejarah lahirnya Gereja Bali

GKPB berdiri sebagai Sinode mulai pada tahun 1949 dengan dikeluarkannya badan Hukum No.8 tanggal 11 Agustus 1949, berdasarkan staadblat nomer 214 bertempat di Blimbingsari. GKPB sebagai Sinode berbentuk Presbiterian Sinodal yaitu kewenangan tertinggi terletak pada sidang sinode yang terdiri dari beberapa wakil majelis jemaat yang mewakili jemaat-jemaat yang ada di lingkungan GKPB. Tahun 1960 GKPB diteriama sebagai anggota DGI atau sekarang PGI di Jakarta. Dalam perjalanan sejarahnya GKPB sebagai Sinode pernah berkantor pusat di Untal-Untal, Debes No. 6 Denpasar, Jl. Sutomo No. 101 Denpasar dan sekarang berkantor pusat di Jl. Raya Kapal No.20 Kapal Mengwi Badung